Seizoen 2

Dexter krijgt het benauwd wanneer Doakes' vermoedens over hem steeds sterker worden. Dexter faalt twee maal bij het koud maken van zijn slachtoffers en de locatie waar Dexter zijn slachtoffers dumpt wordt aangetroffen door twee schatgravers. Ondertussen gaat Debra weer aan het werk na haar afwezigheid vanwege de Ice Truck Killer. De ex-man van Rita vindt zijn dood tijdens een ruzie in de gevangenis.

Debra heeft het er nog altijd moeilijk mee dat ze is gegaan met de befaamde 'Ice Truck Killer'. Haar werkt leidt hier onder. Ook zal de jacht worden geopend op 'Bay Harbor Butcher' onder leiding van FBI Special Agent Frank Lundy. Rita confronteert Dexter met zijn betrokkenheid bij de dood van haar ex-man Paul.

Dexter zet zijn zinnen op een nieuw slachtoffer: een autoverkoper. Dexter heeft het er zwaar mee te blijven liegen over zijn praktijken in de nacht en gaat in overleg met Rita een programma volgen voor drugsverslaafde. Lundy kiest een team voor de grote zaak van de seriemoordenaar waarop Debra twijfelt of dit wel de juiste zaak voor haar is. Doakes treft Dexter aan bij het spreekuur voor verslaafden waardoor het voor Doakes duidelijk is wat voor geheimzinnige kant Dexter heeft.

Rita krijgt bezoek van haar vervreemde moeder. Haar moeder is ervan overtuigd dat Dexter iets achter houdt. Ondertussen moet Dexter ervoor zorgen dat hij de slimme FBI Agent Lundy op een verkeerd spoor brengt. De band tussen Lila en Dexter wordt steeds sterker. Doakes gaat achter de dader aan van de schietpartij eerder die dag. Ondertussen zal te zien zijn dat Maria achter de affaire zit met de man van Esmee Pascal.

Dexter ontdekt dat de man die zijn moeder heeft vermoord, nog leeft. Doakes en LaGuerta onderzoeken een moord in een boekenwinkel en halen samen herinneringen op over hun tijd samen. De moeder van Rita verteld Dexter hun alleen de laten. Ondertussen verliest Debra het vertrouwen in haar relatie met Gabriel.

Dexter is gefilmd tijdens het schoonmaken van zijn boot in de haven. Hij moet deze video zien te verwijderen voordat iemand de film te zien krijgt. Rita komt erachter dat Dexter en Lila samen uit eten zijn en zet een punt achter de relatie met hem.

De 'Bay Harbor Butcher' stuurt een manifest naar de lokale krant waardoor er chaos ontstaat binnen het team van FBI agent Lundy. Wanneer Dexter door krijgt dat Doakes meer te weten komt over het verleden van hem moet hij een plan beramen waardoor Doakes geschorst zal worden bij de politie in Miami. Tijdens een diner met Dexter wordt Lila jaloers wanneer ze te horen krijgt dat Dexter een schoolevenement van Cody (de zoon van Rita) zal bijwonen. Ondertussen zet Debra een punt achter haar relatie met Gabriel en gaat ze verder met FBI agent Lundy.

Lila zet een deel van haar loft in brand om haar relatie met Dexter te redden. Dexter beseft al snel dat het opgezet is en Lila tegen hem liegt. Doakes dringt het appartement van Dexter binnen en vindt daar de verstopte bloedmonsters van Dexter. Ondertussen krijgt Dexter van Rita te horen dat hij niet meer welkom is bij haar thuis en hij de kinderen niet meer mag zien.

Doordat Dexter onder toezicht staat van agenten, is hij niet in staat de laatste resten van zijn slachtoffers te ontdoen. Dexter verteld Rita dat zijn affaire met Lila een vergissing is geweest maar Rita kan het hem moeilijk vergeven. Nadat Doakes de bloedmonsters van Dexter heeft gevonden neemt hij contact op met een oude vriend in Haiti om de bloedmonsters te laten analyseren. Het team van Lundy krijgt het vermoeden dat Doakes betrokken is bij 'Bay Harbor Butcher' zaak maar kan hem niet vinden om hem een paar vragen te stellen. Debra en Lundy brengen de nacht samen door en denken erover na om hun relatie naar buiten te brengen.

Dexter houdt Doakes gevangen in een hut maar weet nog niet wat zijn volgende stap zal zijn. Doakes geeft Dexter informatie over de doodsoorzaak van zijn adoptievader. Terwijl de FBI nog altijd opzoek is naar Doakes probeert LaGuerta zijn onschuld te bewijzen. Rita en Dexter gaat voor het eerst weer samen naar het strand.

Angel wordt gearresteerd voor de aanranding van Lila. Debra onderzoekt het verleden van Lila en ontdekt dat zij een illegale immigrant is. Dexter gaat opzoek naar meer informatie over de doodsoorzaak van zijn vader. Ondertussen staat hij voor een moeilijke beslissing..

Lila vindt Doakes gevangen in een hut en realiseert zich dat Dexter de 'Bay Harbor Butcher' is. Ze negeert de vraag van Doakes om hulp en steekt de hut in brand. Debra en Lundy proberen hun relatie problemen op te lossen en Dexter verzoent met Rita. Wanneer Lila Rita's kinderen bedreigt zit er voor Dexter maar één ding op..