Seizoen 3

De meisjes worden op pad gestuurd om verschillende mysterieuze diefstallen van high-tech gadgets te onderzoeken. Wat ze ontdekken is een schurk die een klein krachtveld kan creëren dat de effecten van de zwaartekracht opheft. Met plannen om zijn apparaat op een veel grotere schaal te gebruiken, kunnen de spies hem tegenhouden voordat het te laat is?

De spionnen moeten onderzoek doen naar ongewone vallende meteorieten. Dit leidt hen naar een schurk die de technologie heeft om meteorieten "neer te gooien". De spionnen moeten haar tegenhouden voordat een enorme meteoriet met topsnelheid L.A uitwist.

Das Coffeehaus, een gloednieuwe, chique koffiehuisketen, opent zijn deuren en wordt ongelooflijk populair... letterlijk van de ene op de andere dag. De keten's kenmerk is het nemen van een duik in de "Perkolator 9000", een gekke machine die de bezoekers in een volwaardig koffiebad onderdompelt.

Een kwaadaardige computersoftware-ontwerper ontwikkelt een computervirus dat mensen in zombies verandert als ze eraan worden blootgesteld.

Wanneer de spionnen het WOOHP-gebouw niet kunnen vinden, ontdekken ze dat een schurk terug in de tijd is gereisd om een jonge Jerry te overtuigen om samen met hem een ander soort WOOHP te beginnen. Het is aan de spionnen om terug in de tijd te reizen en Jerry op het juiste pad te zetten.

Jerry stuurt de meisjes naar Toronto om een verslag over vermiste personen te onderzoeken. Hun onderzoek leidt hen naar een vreemd circus vol met allerlei buitengewone wezens. Is de circusdirecteur verantwoordelijk voor alle vermiste personen?

Een rijke en machtige verwende snotaap ontvoert knappe mannen uit de hele wereld om in haar "menselijke dierentuin" te houden voor haar eigen vermaak.

Arnold komt per ongeluk in het bezit van een magische steen die de 'coolness' van mensen afneemt (waardoor ze in totale nerds veranderen) en deze aan Arnold overbrengt, waardoor hij in een hottie verandert.

Tim Scam is terug en deze keer heeft hij een "morphing robot" gebouwd, die moeiteloos het uiterlijk van iedereen kan aannemen.

Sam en Alex confronteren Clover over haar slechte prestaties. Nadat ze Clover op hun volgende missie uit het oog verloren hebben, vinden ze dat ze de schurk in haar eentje verslagen heeft. Clover gedraagt zich anders, haar spionage vaardigheden worden steeds beter en beter.

Een lekkere nieuwe yoga-instructeur wint populariteit, samen met hordes intens toegewijde volgelingen. Omdat deze bijna cult-achtige groep meer volgelingen probeert te rekruteren, door middel van geweld, worden de spionnen op de zaak gezet.

Wanneer een hoop bodybuilders zich vreemd gaan gedragen, zet Jerry de meisjes op de zaak.

Clover heeft een ticket gewonnen voor de eerste vlucht van het nieuwste chique vliegtuig. Samen met een hoop beroemdheden van L.A. naar Parijs! Ze leeft het jet-set leven, tot de vlucht begint en zij en de rest van de passagiers ontdekken dat hun piloot eigenlijk een demente slechterik is die lijdt aan een groot geval van CWS (Celebrity Worship Syndrome).

Een bittere, voorheen wereldberoemde tandarts is uit op wraak tegen degenen die zijn praktijk hebben vernietigd. Gewapend met bizarre tandheelkundige apparatuur verandert hij zijn slachtoffers in tandheelkundige rampen, inclusief de spies.

Iemand heeft insecten getraind als onderdeel van een complot om de aarde te vernietigen. De enige overlevenden zijn de insecten en hun halfmenselijke, half-insectenkoning Max Exterminus. Natuurlijk heeft elke koning een koningin nodig, dus Max Exterminus ontvoert Alex.

Britney is neergestort in een WOOHP helikopter op een afgelegen eiland in het midden van de Atlantische Oceaan. Het eiland is een topgeheime bewaarplaats is voor de gevaarlijkste slechteriken van WOOHP! Britney's helikopter heeft tevens het beveiligingssysteem van het eiland heeft vernietigd toen het ten onder ging.

Sam en Alex confronteren Clover over haar slechte prestaties. Nadat ze Clover op hun volgende missie uit het oog verloren hebben, vinden ze dat ze de schurk in haar eentje verslagen heeft. Clover gedraagt zich anders, haar spionage vaardigheden worden steeds beter en beter.

De spionnen onderzoeken een vreemde aandoening waarbij een tal van getalenteerde tieners (entertainers, atleten, etc.) op mysterieuze wijze hun skills hebben verloren.

Een Britse roddelblad-journalist heeft een waarheidsserumgas uitgevonden dat hij gebruikt om schandalige informatie van beroemdheden te verzamelen. Wanneer de spionnen hem proberen te stoppen, wordt Alex vergast en onthult zij het bestaan van WOOHP. De plannen van de journalist veranderen plotseling met deze nieuwe informatie en ze gebruikt Alex om WOOHP over te nemen.

Clover moet babysitten op Chucky, de vervelende zoon van de beste vriendin van haar moeder, op Halloweenavond. Gelukkig kan ze Sam en Alex overtuigen bij haar te blijven. De meisjes nemen Chucky 'trick or treating' in de griezelige afgezonderde buurtwaar hij woont, maar geen van de buren lijkt thuis te zijn. Ze komen er al snel achter dat een vroegere schurk die een wrok tegen hen koestert, de buurt heeft overgenomen en haar inwoners in geesten heeft veranderd die de spionnen willen vernietigen.

Een schurk die de meest geëvolueerde en geavanceerde persoon op de planeet wil zijn, verzint een gek apparaat dat de hersenen van mensen fysiek inkrimpt, waardoor ze terugvallen naar een meer primitieve staat.

De meisjes zijn geschokt wanneer Jerry aankondigt dat hij gaat trouwen! Hoewel hij toegeeft dat het vrij plotseling is, is Jerry blij om zijn ware liefde aan de spionnen te presenteren, Miss Myrna Beesbottom! Ja, de oppas is terug. Clover en Alex vinden Myrna al snel aardig en helpen met het plannen van de bruiloft. Ondertussen, Sam ontdekt de waarheid: Myrna heeft een smerig verleden en haar ware liefde is macht.

Sam, Clover en Alex krijgen de kans om 'Super Spie's te worden om hun succesvolle missies te vieren! Ze worden begroet door hun nieuwe trainer, Terrance. Ze trainen ook met een andere jongen genaamd Dean. Maar als Dean vermist wordt, vragen de meisjes zich af of het louter toeval is of dat het meer is dan dat.

De meisjes bevinden zich tussen een rots en een harde plek. Er is geen manier waarop ze Jerry kunnen uitschakelen en tegelijkertijd Dean te redden.

De spionnen staan tegenover Terence en Dean in Beverly Hills voor een laatste confrontatie waarin zelfs de beste spionnen moeite zullen hebben om te slagen.

De meisjes vinden WOOHP er een beetje anders uitzien. Jerry onthult dat het allemaal te danken is aan WOOHP's nieuwe Feng Shui goeroe, Yin Yang. Helaas maakt de goeroe Jerry zo passief en kalm dat hij niets doet als de goeroe van plan is de wereld te herschikken.