Seizoen 1

Bouwkundig ingenieur Michael laat zich opsluiten in de gevangenis om zijn broer, een ter dood veroordeelde die beweert erin te zijn geluisd, te helpen ontsnappen.

Michael probeert aan twee artikelen te komen: een geneesmiddel dat hem positief test voor suikerziekte en een grote bout die hij kan gebruiken voor zijn ontsnapping.

Michael krijgt problemen als hij Abruzzi en Sucre in zijn plan betrekt en Lincoln overweegt een familielid te vragen om zijn executie bij te wonen.

Michael bemachtigt bijtende chemische stoffen die hij voor zijn ontsnapping kan gebruiken. Later raakt zijn celmaat Haywire gefascineerd door Michaels tatoeage.

Terwijl Kellerman en Hale Michaels overplaatsing erdoor drukken, probeert Michael het te rekken om het eerste deel van zijn ontsnappingsplan op de proef te stellen.

Michaels truc om tijd te rekken door een lockdown te forceren, leidt tot grootschalige rellen. Ondertussen huurt Kellerman een gevangene in om Lincoln te vermoorden.

Tijdens de gevangenisrellen, redt Michael Sara; de moordenaar probeert Lincoln te doden en Bellick daagt Pope uit voor een gesprek met de gevangenisdirecteur.

Als Michael probeert te achterhalen hoe hij via een tunnel naar een bewakerskantine komt, proberen Kellerman en Hale Veronica en LJ te vermoorden.

T-Bag verliest een slaaf en richt zich op een andere slaaf. Ondertussen, brengt Abruzzi's degradatie binnen de gevangenishiërarchie het ontsnappingsplan in gevaar.

Om weer controle over het team te krijgen en hun kans op ontsnapping te vergroten, wil Abruzzi dat Michael vertelt waar Fibonacci is.

Michael bouwt een toestel om te achterhalen hoeveel tijd zijn team nodig heeft om te ontsnappen en Westmoreland sluit zich aan bij het ontsnappingsteam.

Lincoln waarschuwt Michael dat iemand in de groep achter zal blijven en Abruzzi dreigt T-Bag te vermoorden als hij niet uit de groep stapt.

Als Lincolns executie nadert, zet Michael zijn plan in gang. Ondertussen confronteert Kellerman Hale, en Veronica doet een aankondiging in de media.

Michael probeert Lincolns executie uit te stellen door de bedrading van de elektrische stoel te saboteren. Veronica en Nick willen Steadmans lichaam laten opgraven.

Sucre vraagt iemand om een gunst om Michael te helpen met het controleren van een nieuwe route naar de ziekenboeg.

Flashbacks werpen een licht op hoe gedetineerden Michael, Lincoln, Sucre, C-Note en T-Bag terechtkwamen in de gevangenis en hoe Sara aan haar baan kwam.

Michael wordt in de isoleercel geplaatst. Intussen moet Sucre het ontsnappingsgat in de bewakerskantine dichten.

Michael wil dat Haywire de ontbrekende tatoeage onthoudt. De overige leden proberen Bellick te weerhouden van het veilen van Michael en Sucre's cel.

Michael denkt na over hoe hij de ziekenboegsleutel van Sara kan ontfutselen. Lincoln hoort over zijn vaders rol in de gebeurtenissen die zijn leven verwoestten.

Als het ontsnappingsgat wordt ontdekt, moeten de gevangenen direct uitbreken maar nu Lincoln 24 uur per dag wordt bewaakt, zal hij wellicht achterblijven.

Nadat Michael Pope dwingt om Lincoln over te plaatsen naar de ziekenboeg, lukt het de voortvluchtigen om veilig bij Sara's geopende kantoor te komen.

Nu de ontsnapping is ontdekt, organiseert Bellick een grootschalige zoekactie naar de gevangenen terwijl de vicepresident een schokkend machtsspel uitvoert.