Seizoen 1

Malcolms leven als middelste broer in een excentriek gezin wordt nog moeilijker gemaakt wanneer hij in een klas met begaafde leerlingen wordt geplaatst. Daar raakt hij met tegenzin bevriend met een andere jongen met een hoog IQ en moet hij het opnemen tegen een pestkop.

Lois moet drastische maatregelen nemen om erachter te komen welke van haar zonen de speciale jurk heeft verpest die ze kocht voor een jubileumdiner met Hal.

Lois en Hal laten de jongens het weekend alleen met Francis. De jongens gaan ervan uit dat als alles goed gaat, Francis misschien niet meer naar de militaire school hoeft.

Parallelle verhalen zetten Malcolm tegenover een pesterige, irritante nieuweling en Francis strijdt met zijn intimiderende commandant van de militaire school, die seksuele voorlichting geeft. Ondertussen krijgt Hal kritiek nadat hij een boom heeft omgehakt.

Malcolms comfortabele oppasbaantje biedt verlichting van de caravan die het gezin gebruikt terwijl hun huis wordt ontsmet, totdat Malcolm ontdekt dat het vertrouwen dat in hem gesteld is in zijn nieuwe functie, strikt beperkt is. Ondertussen leidt de hoofdsleutel van de militaire school Francis naar een lijk, waarvoor hij een waardig afscheid verzorgt.

Malcolm logeert bij Stevie en, geschokt door zijn overbeschermde levensstijl, haalt hij hem over om stiekem een ​​vreemd, nachtelijk avontuur te beleven. Francis krijgt te maken met een ontgroening op de militaire school. Reese probeert te bewijzen dat hij mannelijk genoeg is om naar een enge film te kijken.

Francis verlaat de militaire school zonder toestemming om naar zijn vriendin te gaan, een sullige type die hem helemaal gek heeft gemaakt.

De hele familie bezoekt een Krelboyne-familiepicknick, en Malcolm vreest dat zijn optreden in het Academisch Circus hem als een freak zal doen overkomen. Er gebeuren rampen als podiumoptredens mislukken, families ruzie maken en Malcolms vader vlees serveert aan vegetariërs.

Het ontslag van Lois leidt tot bezuinigingen in het huishouden. Ondertussen geniet Francis van zijn erewachttaak – bij een schoonheidswedstrijd voor tieners.

Terwijl Hal de jongens stiekem meeneemt naar de stockcarraces, zoekt Lois wanhopig naar haar verdwenen loonstrookje. Francis op de militaire academie houdt een boa constrictor als huisdier.

De begrafenis van een familielid botst met Malcolms plannen voor zijn allereerste date, dus probeert hij een manier te vinden om de rouwceremonie over te slaan.

Een nette cheerleader trekt de slordige Reese aan, die zijn leven op orde probeert te krijgen – zo goed als hij kan – om haar te versieren. Hij sluit zich zelfs aan bij haar rah-rah-team. Dewey probeert Lois en Hal ervan te overtuigen hem een ​​nieuw speeltje te kopen. Francis heeft een openhartig gesprek met schoolhoofd Spangler.

Rolschaatslessen van Hal Bug Malcolm, die zich verzet tegen de discipline van zijn vader, terwijl zijn moeder in bed ligt te ploeteren met rugpijn die ze aan Reese toeschrijft. Francis ontloopt het overlevingsweekend van zijn team.

Malcolm en zijn klasgenoten van Krelboyne schakelen de hulp in van Hal voor een schoolproject, waarbij een robot en een enorme zwerm bijen betrokken zijn. Lois bezoekt Francis op zijn school nadat hij gewond raakt en al snel botst met Spangler.

De jongens blijven thuis van school omdat hun moeder denkt dat het zondag is in plaats van maandag. Malcolm bedenkt een plan om Francis weer eens uit de problemen te helpen. Hal wordt in de val gelokt door een Porsche-dealer.

Als het gezin een dagje naar een waterpark gaat, blijft Dewey achter met een bejaarde, strenge babysitter. Francis wordt door de commandant van zijn militaire school onder druk gezet om te biljarten.